Ekosystemy wodne - ekosystemy, których biotop stanowi środowisko wodne: oceany, morza, jeziora, rzeki, źródła. Cechą charakterystyczną ekosystemów wodnych są specyficzne formacje (biocenozy): plankton, bentos, nekton, pleuston, neuston. Problematyczne może być zaliczenie do ekosystemów wodnych takich typów ekosystemów jak: bagna, torfowiska, moczary (używa się raczej określeń tereny podmokłe).
W środowiskach wodnych wyróżniamy kilka grup organizmów w zależności od miejsca występowania. Główne z nich to: plankton, nekton i bentos.
W każdym środowisku występuje strefowe rozmieszczenie gatunków roślin i zwierząt tworzących biocenozę.
W ekosystemach wodnych (morza, jeziora) występuje strefowość zarówno pozioma - od brzegu do środka zbiornika wodnego jak i - pionowa od powierzchni do dna. W jeziorze wyróżnia sie trzy główne strefy: przybrzeżną , czyli litoralną (litoral), otwartej toni wodnej, czyli pelagiczną (pelagial), głębinową, czyli profundalną (profundal).