Języki khoisan (języki buszmeńsko-hotentockie) - rodzina językowa obejmująca ponad 100 języków występujących w Afryce, głównie krajach Afryki południowej (RPA, Namibia, Angola, Botswana i Tanzania). Języki tej rodziny reprezentują typ języków mlaskowych, których cechą charakterystyczną jest występowanie tzw. mlasków, mających status fonemów. Niekiedy uznawane są za najstarszą z rodzin językowych i przeciwstawiane pozostałym językom ludzkości, które zatraciły mlaski.
Większość języków tej rodziny jest wymarłych lub zanikających. Współcześnie posługuje się nimi zaledwie ok. 350 tys. mówiących. Najważniejszy z języków khoisan jest język nama.
Warto pamiętać, że jednym ze światowej sławy i renomy specjalistów zajmujących się językami mlaskowymi był polski etnograf i językoznawca Roman Stopa (1895-1995). Przed II wojną światową badał on ludy Bantu, Buszmenów i Hotentotów.
Powszechnie przyjmowana klasyfikacja języków khoisan jest klasyfikacją sztuczną. Za właściwe języki khoisan uważa się rodzinę języków khoe. Oprócz tego do rodziny tej zalicza się spokrewnione z językami khoe rodziny języków tuu oraz Juu-ǂHoan, a także język sandawe.
Do języków khoisan zaliczany jest również używany przez Pigmejów w Tanzanii język hadza, pomimo iż jest on oddalony od pozostałych języków khoisan i niespokrewniony z nimi.