Jan Eugeniusz Machnik (ur. 20 września 1930) – polski archeolog.
Archeologię studiował na Uniwersytecie Jagiellońskim oraz na Uniwersytecie Poznańskim gdzie w 1955 r. uzyskał tytuł magistra historii kultury materialnej, broniąc pracę Osada wczesnośredniowieczna w Igołomii koło Krakowa. Bezpośrednio po studiach rozpoczął pracę w Zakładzie Archeologii Małopolski Instytutu Historii Kultury Materialnej w Krakowie. W następnych latach zajął się problematyką schyłku neolitu i początków epoki brązu w Europie środkowej, broniąc pracę doktorską Studia nad kulturą ceramiki sznurowej w Małopolsce. W latach 1966-1990 kierował Zakładem Archeologii Małopolski Instytutu Historii Kultury Materialnej w Krakowie, a później Instytutem Archeologii i Etnologii PAN w Krakowie. Od 1968 r. był wykładowcą UJ, a od 1976 r. profesorem tej uczelni. Od 1990 członek Międzynarodowej Unii Nauk Pre- i Protohistorycznych (UISPP). Od 1992 członek PAU, obecnie w zarządzie tej instytucji. Od 1966 redaktor Sprawozdań Archeologicznych. Prowadził prace wykopaliskowe w Polsce, na Słowacji, Ukrainie, a także we Francji. Wykładowca w Instytucie Archeologii Uniwersytetu Rzeszowskiego. Autor wielu ważnych publikacji naukowych.
Postanowieniem Prezydenta RP z dnia 29 września 2011 r. "za wybitne zasługi w pracy naukowo-badawczej, za osiągnięcia w działalności dydaktycznej i społecznej" został odznaczony Krzyżem Komandorskim Orderu Odrodzenia Polski[1].