Johannes Peter Müller (ur. 14 lipca 1801 w Koblencji, zm. 28 kwietnia 1858 w Berlinie) – niemiecki przyrodnik, fizjolog, anatom i zoolog.
Uczniami Müllera byli m.in. Emil du Bois-Reymond, Ernst Haeckel, Hermann von Helmholtz,Friedrich Gustav Jakob Henle, Albert von Kölliker, Robert Remak, Wilhelm Peters,Theodor Schwann, Rudolf Virchow[1].
Jego imię od 1999 nosi Johannes-Müller-Institut für Physiologie.