Loża-matka WLN (późniejsza WLNP) utworzona 19 marca 1920 przez członków działającej w Rzymie polskiej loży "Polonia". 24 kwietnia, dzięki poprzedzającym utworzenie staraniom członków "Polonii", otrzymała ona dokument założycielski od Wielkiej Loży Włoch, dzięki czemu stała się lożą regularną. Do samorozwiązania masonerii w 1938, "Kopernik" był największą warszawską lożą.
W lutym 1940 w Paryżu ukonstytuowała się nawiązująca do warszawskiego "Kopernika" loża o tej samej nazwie, a jej przewodniczącym został adwokat Tadeusz Tomaszewski. Warsztat pracował pod zwierzchnictwem Wielkiej Loży Francji (Grande Loge de France) - w tamtym czasie drugiej co do wielkości francuskiej obediencji masońskiej. Po kapitulacji Paryża w czerwcu 1940, większość członków loży wyjechała do Anglii, zaś paryska loża przestała działać. W Londynie, z uwagi na fakt, iż Wielka Loża Anglii nie uznawała WLNP, nie udało się niczego reaktywować. W czasie Powstania warszawskiego spaleniu uległo archiwum lożowe warszawskiego "Kopernika".
Dopiero dzięki inicjatywie Jerzego Stefana Langroda, który zrezygnował z pracy w Krakowie w 1948, zdołano reaktywować paryskiego "Kopernika". Pomimo tego, że udało się odnaleźć w Paryżu tylko jednego Polaka-masona, warsztat wznowił prace dzięki uczestnictwu obcokrajowców, początkowo nietrwale, bowiem loża upadła, gdy Langrod przebywał w latach 1950-1952 w Brazylii, wykładając na uniwersytecie w Rio de Janeiro. Za drugim razem udało się odnieść sukces, dzięki czemu ok. 1960 pracowało w nim ponad 30 osób, w większości obcokrajowców, m.in. Ukraińców, Rosjan, Jugosłowian, a także jeden Łotysz, Francuz i Turek. Pomimo takiej mieszaniny narodowości, reaktywowana loża nosiła nazwę Polskiej Loży Macierzystej "Kopernik", działała w strukturach Wielkiej Loży Francji i uważała się za spadkobierczynię Wielkiej Loży Narodowej Polski.
Z biegiem lat warsztat, pracujący początkowo w języku francuskim, przetłumaczył teksty rytuałów na polski i zaczął pracować w tym języku. Finansował także wydawanie książek dotyczących wolnomularstwa, oraz pobyt w Paryżu polskiego historyka Ludwika Hassa. Po powstaniu KOR przesłano do Polski pokaźne wsparcie dla tej organizacji, próbowano także wysyłać paczki dla Polaków w Rosji, ale zawsze wracały one do nadawcy. Po wyborze nowego papieża, którym został w 1978 Karol Wojtyła, zgromadzeni w "Koperniku" wolnomularze postanowili wysłać do Watykanu następujący list gratulacyjny:
W dniu wstąpienia na tron Stolicy Apostolskiej gorące i przepełnione radością powinszowania przesyłają Jego Świątobliwości wolnomularze polscy. Różnych wyznań, ale wierni chrześcijańskiej nauce o miłości bliźniego, świeccy, ale czujący się spadkobiercami budowniczych katedr, zgrupowani obecnie w Paryżu, ale pracujący z myślą o swych wielkich poprzednikach w Polsce [...] łączymy się ze wszystkimi ludźmi dobrej woli w ogromnej dziś nadziei, że w Osobie Jego Świątobliwości znajdą obrońcę i szermierza najdroższych dla nas wartości: godności człowieka, wolności sumienia, tolerancji, kultu prawdy, obrony uciśnionych, sprawiedliwości społecznej, poszanowania swobód obywatelskich oraz miłości Ojczyzny. Z najgłębszą ufnością, że podobnie jak Książę Metropolita Krakowski, Kardynał Karol Wojtyła, tak i Ojciec Święty, Jan Paweł II, będzie wiódł bój o te wielkie ideały, przesyłamy Jego Świątobliwości życzenia pomyślności w jakże trudnej Jego misji.
W listopadzie tego samego roku, pomimo trwających po dziś dzień rozbieżności i antagonizmów pomiędzy Kościołem i masonerią, otrzymano z Watykanu, za pośrednictwem nuncjatury paryskiej, następującą odpowiedź w języku polskim:
Secretaria Status – ex aedibus Vaticanis – listopad 1978.
Sekretariat Stanu wypełniający swój zaszczytny obowiązek niniejszym powiadamia, że Ojciec Święty Jan Paweł Drugi z prawdziwą radością przyjął wyrazy szacunku i życzenia przesłane z okazji powołania Go na Stolicę Piotrową. W dowód wdzięczności udziela swojego Apostolskiego Błogosławieństwa, które jest zadatkiem obfitych darów niebieskich.
Inną głośną deklaracją paryskiego Kopernika jest dokument odczytany 19 grudnia 1981 na zebraniu Wielkiej Loży Francji:
|
|
"Kopernik" francuski nie był jedyną kontynuującą tradycje WLNP lożą o tej nazwie. Od 12 lutego 1961 w Warszawie Mieczysław Bartoszkiewicz, posiadający od Stanisława Stempowskiego uprawnienie obudzenia wolnomularstwa polskiego, "obudził" z inicjatywy Jana Wolskiego i Stefana Zbrożyny wraz z siedmioma mistrzami (Tadeusz Gliwic, Aleksander Lutze-Birk, prof. Józef Roliński, prof. Marian Serejski, Julian Kulski, Erazm Samotycha, Tadeusz Wyszomirski) lożę niezależną "Kopernik".
Według niektórych informacji loża w 1963 skontaktowała się z Paryżem. Obydwie loże ustaliły, że uznają się wzajemnie, zaś loża warszawska, będąc w głębokiej konspiracji, zgodziła się, by polskie wolnomularstwo reprezentowane było na świecie przez lożę paryską. Konspiracja wywołana była m.in. obawami o przetrwanie loży, oraz chęcią uniknięcia sytuacji, w której władze PRL próbowałyby ingerować w działalność lożową. Jak wspominał Tadeusz Gliwic: "przez wiele lat działaliśmy w ścisłej konspiracji, było nas niewielu, zaledwie 15 osób co było istotne ze względów bezpieczeństwa".
Faktycznie, w latach 1961-1989 inicjowano w warszawskim Koperniku zaledwie ok. 20 osób. 19 lutego 1961 do loży przyjęto Jana Józefa Lipskiego i Klemensa Aleksandrowicza. Wznowił swoje działania również Włodzimierz Zonn. 26 marca 1972 do loży przjęto Ludwika Cohna i prof. Jerzego Jasińskiego, 5 listopada 1972 prof. Janusza Maciejewskiego, zaś 10 grudnia 1972 prof. Edwarda Lipińskiego i Antoniego Słonimskiego.
9 listopada 1975 do loży przyjęto prof. Jana Kielanowskiego, 12 kwietnia 1981 prof. Klemensa Szaniawskiego. 20 maja 1986 przyjęto do loży dr Stanisława Wydźgę, 20 listopada 1986 Huberta Janowskiego, zaś 5 lutego 1987 Ignacego Sieradzkiego. 24 kwietnia 1987 przyjęto prof. Tadeusza Cegielskiego oraz Jana Kurmana.
Przewodniczącym loży byli: Mieczysław Bartoszkiewicz (1961-1962), Jan Józef Lipski (1962-1981), Jan Kielanowski (1981-1986), Jan Józef Lipski (1986-1988), Tadeusz Gliwic (1988-1991).
Po odzyskaniu niepodległości, warszawska loża podzieliła się na trzy warsztaty, poza Kopernikiem były to: Walerian Łukasiński (Warszawa), oraz Przesąd Zwyciężony (Kraków). W tym stanie można było przebudzić Wielką Lożę Narodową Polski. Dokument w tej sprawie został podpisany przez przewodniczących trzech warsztatów podczas wspólnego posiedzenia 17 grudnia 1991, 10 dni później świętowano natomiast oficjalnie obudzenie WLNP.