Małgorzata Luksemburska (ur. 8 lipca 1313, zm. 11 lipca 1341) - królewna czeska, księżna bawarska.
Była najstarszą córką Jana Luksemburskiego, króla Czech, i jego pierwszej żony Elżbiety, królewny czeskiej. Imię otrzymała po swojej babce ojczystej, żonie Henryka VII Luksemburskiego, króla Niemiec.
12 lutego 1328 poślubiła Henryka II, księcia dolnobawarskiego z dynastii Wittelsbachów. Owdowiała 1 września 1339. Z małżeństwa pochodził tylko syn Jan (ur. 29 listopada 1329, zm. 20 grudnia 1340).