Michaił Borysowicz Chodorkowski (ros. Михаил Борисович Ходорковский; ur. 26 czerwca 1963 w Moskwie) – przedsiębiorca rosyjski, Na początku 2004 był uważany za najbogatszego człowieka w Rosji. Były współwłaściciel Jukosu.
W dzieciństwie Michaił Chodorkowski pasjonował się chemią, skończył szkołę z rozszerzonym programem z chemii, a w 1981 został przyjęty do Moskiewskiego Instytutu Chemiczno-Technicznego im. D. Mendelejewa. W 1987 założył Centrum Naukowo-Techniczne Twórczości Młodzieży. Studiował, pracując jednocześnie w Instytucie Gospodarki Narodowej im. G. W. Plechanowa. Kierowane przez niego Centrum zaczęło importować towary z Zachodu, a w 1989 powołało do życia bank o nazwie Żyłsocbank, który następnie przemianowano na Menatep.
W 1992 został p.o. wiceministra paliw i energetyki. Na początku 1997 Menatep w drodze przetargu nabył 45% akcji upadającej państwowej spółki naftowej Jukos, za które zapłacił według różnych źródeł od 250 mln do 400 mln USD. Jukos był wówczas zadłużony na 3,5 mld USD. Menatep spłacił dług Jukosu w ramach transakcji kupna spółki. Na restrukturyzację i wyprowadzenie Jukosu z kryzysu potrzeba było 6 lat. Do 2003 Jukos przekształcił się w lidera światowego rynku energetycznego z kapitalizacją wynoszącą 40 mld USD. W kwietniu 2003 podpisano umowę o fuzji z inną rosyjską firmą Sibnieft'. Większość akcji należała wówczas do Romana Abramowicza. Miał to być początek budowy wielkiego koncernu energetycznego Jukos-Sibnieft, czyli JUKSI. Koncern stałby się czwartą pod względem wielkości wydobycia prywatną firmą naftową świata. Jednak w grudniu 2003, po aresztowaniu kierownictwa Jukosu, fuzja została przerwana.
W 2001 M. Chodorkowski założył charytatywną fundację Otwarta Rosja w celu realizacji projektów w zakresie kultury i edukacji oraz rozwoju intelektualnego potencjału kraju.
Michaił Chodorkowski wielokrotnie krytykował politykę prezydenta Rosji Władimira Putina. 25 października 2003 został oskarżony o nieprawidłowości przy prywatyzacji przedsiębiorstw i aresztowany. Będąc w areszcie, zrezygnował z funkcji szefa koncernu Jukos.
W maju 2005 moskiewski sąd skazał Chodorkowskiego na 9 lat pozbawienia wolności i odbycie kary w kolonii karnej. We wrześniu 2005 Sąd Miejski w Moskwie obniżył karę więzienia do 8 lat. Został zesłany do uranowej kolonii IK-10 w Krasnokamieńsku, w obwodzie czytyjskim.
19 stycznia 2009 Chodorkowski został przeniesiony z więzienia na Syberii do aresztu śledczego w Moskwie, gdzie oczekiwał na kolejny proces, który rozpoczął się 3 marca. W tymże procesie zostali uznani winnymi zarówno on, jak i Lebiediew.
Działacze praw człowieka uważają, że jest to zemsta Kremla za próbę prowadzenia przez Chodorkowskiego i Jukos niezależnej polityki.
31 maja 2011 roku Europejski Trybunał Praw Człowieka w Strasburgu uznał, że Rosja naruszyła prawa byłego szefa Jukosu Michaiła Chodorkowskiego w związku z jego aresztowaniem w 2003 r. Zasądził na jego rzecz 10 tys. euro za szkody moralne i 14,5 tys. kosztów sądowych.
Żonaty. Ojciec czwórki dzieci.