Rezerwat przyrody Cisowy Jar utworzony został w 1959 roku [1] na obszarze Nadleśnictwa Olecko w obrębie Kowale Oleckie. Powierzchnia 10,68 ha. Utworzony został dla ochrony krańcowego stanowiska cisa (Taxus baccata) leżącego na półn. – wschodniej granicy jego zasięgu. Jest to najbogatsze, tego gatunku skupisko na Mazurach. Cis podlega tu ochronie od 1937 r.
Na terenie rezerwatu można wyróżnić trzy typy siedliskowe: las mieszany świeży - 0,30 ha - 2,8% , las świeży - 9,95 ha - 93,4%, las wilgotny - 0,40 ha - 3,8% zawierają one w sobie drzewostan głównie z udziałem - świerk (72%) lipa (14%), brzoza (1%) w wieku od 60 do 90 lat. Drzewostany rezerwatu są silnie zniekształcone, ponieważ przed 80 laty. Wykonano tu zrąb zupełny. Obecnie uwzględniając w szerokim stopniu cele ochronne na całym terenie rezerwatu planowane są jedynie do wykonania cięcia sanitarne oraz pielęgnacyjne pod kątem ochrony cisa. Pod osłoną drzewostanu rośnie cis. W 1965 r. stwierdzono w rezerwacie i bezpośrednim sąsiedztwie jego granic 1392 okazy. Większość to egzemplarze bardzo małe o wysokości 10-15 cm. Kilkanaście osiąga wysokość 2-3 m, ale są one przygłuszone przez zwarty drzewostan. Największy cis jest jednak poza zasięgiem rezerwatu w oddziale 167. - jego wysokość wynosi około 7 metrów, zaś obwód 110 cm.
W rezerwacie stwierdzono występowanie licznych mchów - ogółem 118 gatunków w tym 17 gatunków wątrobowców i 101 gatunków mchów właściwych oraz osika, świerk, wierzba, iwa, lipa, grab, klon, wiąz górski i jesion.